Вот видите, как хорошо сразу как можно подробней описывать симптомы проблемы… 7 дней ушло на то, чтобы хотя бы подобраться к ней.
По существу: надо уже смотреть на самом сервере, что там происходит (php-логи смотреть и по SSH заходить смотреть что там происходит вообще). Может быть что угодно (нехватка места на диске, неверная маска прав по умолчанию и т.д. и т.п.). Без доступа к серверу никто вам тут ничего не подскажет. А на сервер бесплатно вряд ли кто полезет. Так что имеет смысл объявить платный проект хотя бы за небольшую стоимость.