Мое глубочайшее ИМХО — ориентироваться на рынок защищенного софта в наше время — путь в никуда. Зарабатывать надо на услуге, а не на софте. Просто больше сил уйдет на защиту всего этого. Плюс это сильно снижает покупательскую привлекательность.
Но если уж очень хочется идти по этому пути, то я бы лучше смотрел в сторону шифрования части php-скриптов. На сколько слышал, одна из сильнейших систем для этого — IonCube. Мало кто может дешифровать его. Шифруете все для работы только с индивидуальным ключом клиента, и пусть он хоть пару раз в сутки шлет пинг на ваш сервер с этим ключом. Заметили ключ клиента на другом ip — повод к разбирательству.