Пожалуйста!
Вот только не понимаю — зачем или почему MODX создаёт такую головную боль для пользователей.
А при чем тут MODX? Это вопрос к .htaccess и апачу. И абсолютно логично, что вы переместили в папку и у вас подмена УРЛов сломалась.
Всегда двиг работал, даже если установлен с сабдиректорию.
Ну, если у вас там не ЧПУ или по старинке на реальных файлах — то вполне могло работать. А вот так с виртуальными путями у вас не могло без проблем работать в любой произвольной папке, чисто технически. Если вы не можете самостоятельно вот так включить ЧПУ, то вы не можете компетентно утверждать обратное.