Это не глюк modxcloud.com, а кривые руки тех, кто программировал эти некоторые пакеты. Пользователь создается с флагом sudo, а значит нативное ->checkPolicy() для него всегда будет возвращать true, ему все можно. А если эти товарищи игнорируют стандарты и то, что уже есть, и пишут отсебятину — так на всех не перестрахуешься.