А чего в репозитарии вас пишет?
Я его только собрал в устанавливаемый пакет и кое-какие плюшки добавил. Но изначально весь модуль написан Джейсоном, как раз чтобы народ мог собирать снимки сайтов и заливать их на modxcloud.
Проблема теперь в том, что vapor создает папку и архив, но архив качать не дает(502 error).
Если вы пытаетесь скачать в админке через правую кнопку мыши, то да, в этом случае лезет такой косяк, и это уже вопрос к самому MODX-у. Просто перетащите пакет из core/packages/ куда-нибудь в публичную часть сайта и скачайте по прямой ссылке.
Про вероятность затронутого ядро знаю
Вот как раз ядро затронуто не может быть, так как vapor в снимок добавляет все, кроме ядра. А вот данных может не хватать в базе данных из-за некорректной установки пакета — это запросто. Я не раз говорил, что в этой технологии очень многое зависит от хостинга. Но если вы на modxcloud.com, то просто через их систему импортируйте этот снимок и все, накатите его через их же панель.