Диана, shopkeeper - это отдельная тема, лучше с этим вопросом обратиться на их форум http://forum.modx-shopkeeper.ru/
Со своей стороны могу только это предложить: https://github.com/Fi1osof/shopmodxyandexmoney Это выложил исходный код моего компонента оплаты яндекс.касса. Можно посмотреть исходный код и сравнить с тем, что у вас сейчас используется, может какие мысли возникнут. Но важно учитывать, что это для оплаты яндекс.касса. Оплата яндекс.деньги, по-моему, отличалась, хотя точно не скажу, давно было. Но точно могу сказать, что еще несколько месяцев назад оплата через него проходила нормально.
К сожалению, больше помочь ничем не могу.