Вообще, в подобном случае (когда основная часть сайта работает, а что-то вокруг нет), весьма эффективно работает обновление самого MODX. То есть если главная часть работает, значит конфиг core/config/config.inc.php корректный. Скачиваете архив установочный MODX, распаковываете, накатываете на сайт с затиркой всех базовых файлов и конфигов, обновляетесь, и получаете рабочий сайт с большой долей вероятности.