Дело не в ваших ссылках на другие документы, а дело в смешанном контенте на странице. То есть если у вас страница весит на https, то на ней не должно подгружаться никакого контента с http (картинки, стили, скрипты и т.п.). Проверьте все ли у вас ОК при первом заходе на страницу после сброса кеша. Если не ОК, значит у вас где-то проблемы на самой странице (распространенная ошибка - писать тег base с абсолютной ссылкой, включая протокол). А если ОК, то скорее всего проблема с кешированием (MODX не разделяет кеш отдельно для http и https). Если проблемы с кешем, то вот читайте мой комментарий здесь: https://modx.pro/help/10908/#comment-74165