Чтобы TinyMCE не вырезал неизвестные ему теги, в файле assets/components/tinymcerte/js/mgr/tinymcerte.js после строки this.cfg.file_browser_callback = this.loadBrowser; надо поставить this.cfg.valid_elements = '*[*]'; Однако в этом случае редактор оборачивает их в <p> PS. решение предложено здесь - https://modx.pro/help/9237/
В системных настройках есть такая опция, см. там же.