MODX сам по себе подобных вещей не делает.
1. Странно, что у вас в эту ссылку попадает и УРЛ-энкоденный MODX-тег. %BE+%3Ca+href=%22[[%7E15".
Есть предположение, что какой-то плагин глючный работает. Отключите все плагины и проверьте, не исчезнет ли ошибка.
2. Смотрите сам шаблон. Откуда там вообще ссылка эта? То есть это прям в контенте страницы прописано, или в шаблоне подставляется?
Подобные ошибки вообще не должны вызывать проблем при доступе к админке.