На этот счет предусмотрен open_basedir. Но что-то видимо в процессе доработок оно несколько потерялось. Один из вариантов — fastcgi_param PHP_VALUE open_basedir="/var/www/site_path" (Само собой для каждого сайта в отдельности). Но возможно у Ксении другой механизм используется. Так или иначе, этот момент без внимания не оставляем. Все в процессе.