В других таблицах (кроме modTemplateVarResource) тоже нужные индексы отсутствуют?
Да, есть места. Была когда-то статья, в которой я подробно расписывал в каких колонках чего не хватает, но это было очень давно и сейчас этой статьи в паблике нет. Но планирую ее восстановить.