Сначала попробуйте выгрузку из 1С выполнить через ShopModx1C. Что у вас вообще на сайт выгрузится и выгрузится ли вообще. И еще там надо будет прописать импорт дополнительных полей и обновление потом имеющихся товаров. И вот если уж у вас каталог будет, тогда уже и категории выводить будете.