На самом деле это частично ответ. Дело в том, что эти технологии практически исключают использование чанков и сниппетов, то есть элементов, хранимых в БД. Поэтому вероятность неполной программной синхронизации (именно самой логики) значительно снижается.
Второй момент здесь это то, что данная технология позволяет еще и незаметно для пользователя вести работы прям на рабочем сайте. То есть создаешь копию текущего скина и вешаешь плагин, который для авторизованного программиста переключает скин сайта на новый. И при таком подходе можно и чанки новые создавать без страха, и контент новый писать и т.д. и т.п. В общем, у нас ваших проблем нет.
Но есть еще момент: многие, когда говорят про проблемы синхронизации баз данных, забывают, что в том же phpMyadmin есть средства синхронизации. Можно просмотреть расхождения и актуализировать конкретные таблицы.
joxi.ru/E2pv5o9fDpRprY
joxi.ru/xAeGldOhK8oNmy
joxi.ru/Y2LjLVESzWKRr6
joxi.ru/a2XVypGu3knlrg