Проблема была в том что нужно было указывать полный путь до PHP-интерпретатора
т.е при версии 5.6 вот так /usr/local/php56/bin/php vapor/import.php package=core/packages/shopmodxbox-2.6.1-beta.transport.zip
Установилось но не до конца. Выдало ошибку:
Fatal error: Call to undefined method modX::getMicroTime() in /home/www/site1/public_html/vapor/import.php on line 198
Сайт работает, но на всех кроме главной вверху ошибки:
[2015-06-03 18:04:20] (ERROR @ /home/granatm/www/site1/public_html/core/model/modx/modx.class.php: 1019)
PHP warning: array_key_exists() expects parameter 2 to be array, null given
[2015-06-03 18:04:20] (ERROR @ /home/granatm/www/site1/public_html/core/model/modx/modx.class.php: 1022)
PHP warning: array_key_exists() expects parameter 2 to be array, null given
[2015-06-03 18:04:20] (ERROR @ /home/granatm/www/site1/public_html/core/model/modx/modx.class.php: 1019)
PHP warning: array_key_exists() expects parameter 2 to be array, null given
[2015-06-03 18:04:20] (ERROR @ /home/granatm/www/site1/public_html/core/model/modx/modx.class.php: 1022)
PHP warning: array_key_exists() expects parameter 2 to be array, null given