Заставить — никак. Он не может знать является ли указанный алиас алиасом xPDO-объекта или просто алиас временной таблицы (на самом деле может, но, думаю, не будет этого делать, слишком много тонкостей и вариантов здесь). А вот сформировать правильный запрос можно.
$query->innerJoin('modTemplateVarTemplate', 'TVValues', "TVValues.contentid = modResource.id AND TVValues.tmplvarid = 8");
Если уж очень хочется именно в where засунуть условие, то так:
$query->where(array('TVValues.tmplvarid = 8'));
P.S. И вероятно предполагалось modTemplateVarResource, а не modTemplateVarTemplate.