Появилась необходимость защитить сайт MODX от копирования, есть какие то мысли?

Не, если двиг при этом будет шифрован, то толку будет больше. Если не зашифровать, то практически нет смысла. Либо там в админке вообще ничего нельзя будет делать, либо она будет сломана на раз-два.