Добрый день. Здесь вопрос MODX-а как бы и не касается. Это вопрос выполнения долгих php-скриптов в принципе. На этот счет на хабре есть отличная статья: habrahabr.ru/post/175651/
А процессор вы можете выполнять как угодно, если позволите серверу обрабатывать скрипты дольше.