Денис, хорошее дело делаете! Поднял вам права до Члена Клуба.
По безопасности: вы можете использовать системные привилегии: ?
Допустим, вам надо проверить права на загрузку. Пишете if($modx->hasPermission('file_upload')){.....}. Можно и системные процессоры заюзать.
У вас там мультиаплоэд есть? Я думаю, что на недельке этой подключусь к доработке вашего модуля, только вылейте его на гитхаб вместе с собирающими скриптами.