modResource::__construct() выполняется не только в момент инициализации текущего документа, но и в момент инциализации любого другого документа, к примеру, в формируемом Wayfinder-ом меню, или новостной ленте, формируемой getResources-ом. Откройте в админке Console (дополнительный компонент) и выполните $modx->newObject('MyClass'); Увидите сообщение. Выполните три раза $modx->newObject('MyClass');, увидите три раза сообщение. Ничего лишнего там MODX не делает.