Анатолий, если ты используешь сборку ShopModxBox, то тебе в любом случае придется разбираться с его фронт-API хоть чуть-чуть (благо есть Сергей, который ответит на интересующие проекты), так как там все скрипты корзины и т.п. Или ты хочешь переписать весь фронт?
Но добавить свои скрипты туда не должно быть никаких проблем. У меня как правил все ограничивается только редактированием двух файлов: common.js и styles.less.