Добрый день.
Обычно эти галереи работают с уже имеющимися ссылками. И различные группы картинок идентифицируют по какому-нибудь параметру (тот же rel используют). То есть на странице не надо обязательно миниатюры иметь, достаточно просто ссылок с адресами на картинки и идентификатором для галереи. Кликнув одно фото, можно будет листать эти фотки. То есть миниатюры — одна фотка из галереи, а остальное — просто ссылки, разбитые по блокам галерей.