Переопределить метод xPDOObject

Хорошо, это "ваш" класс, раз вы ему переопределили метод save(). Так что вам мешает тогда, к примеру, переопределить метод _loadInstance()? Типа так:
 

public static function _loadInstance(& $xpdo, $className, $criteria, $row) {

    $instance = parent::_loadInstance($xpdo, $className, $criteria, $row);

    /*

        some code, for example $instance->set('foo', $foo);

    */

    return $instance;

}