Только причем здесь меню? Несколько не логично.
Очень даже логично.
В MODX-е у документов есть два основных флага:
1. Опубликован. Если опубликован, такой документ будет доступен по прямой ссылке не зависимо от того скрыт он из меню или нет. Если не опубликован, то будет доступен для просмотра только тем, у кого есть права видеть не опубликованные.
2. Не показывать в меню. Этот флаг удобен для выборок, не важно для формирования меню или для новостных лент и т.п. То есть если даже документ опубликован, но не надо, чтобы он выводился в список документов, то ставим эту галочку.
А если вы эту галочку поставили (что по сути должно скрывать документы из списка), но хотите чтобы документы эти все-таки выводились (для чего принудительно ставите флаг выводить скрываемые), то вы в принципе ломаете механизм удобного управления публикациями. Потом какой-то документ надо будет скрыть, а это получится уже сделать только либо снятием с публикации (и такой документ перестанет быть доступным для просмотра, в том числе для поисковых роботов), либо вручную дописывать ID документа в исключения (что по сути не доступно простым менеджерам).
Посоветуйте лучший на ваш взгляд и по ShopModxBox и его средствам в часности
Собственно, здесь вы и находитесь, ибо мы разработчики этих модулей и кому как не нам лучше всех знать эти модули? Но структурированной документации нет и не предвидится. Всего не опишешь и каждая ситуация индивидуальна. А так, самое интересное в этом разделе: Документация для специалистов