Добрый день.
Извините, но ничем вам не поможем. У вас собственные скроллеры/скрипты, и эта проблема напрямую к MODX-у вообще никак не относится. Меняйте скрипты или отлавливайте там баги. Я подозреваю что все дело в неправильном восприятии относительных ссылок, так как часто используются относительные ссылки, которые считаются от корня сайта благодаря тегу <base>. А в скрипте видимо корректно это не учитывается.