Добрый день! То, что удаляется старый пользовател

Добрый день!
 То, что удаляется старый пользователь, и создаются новые — это нормально. Когда накатывается сборка, тогда таблица юзеров очищается полностью, и создаются новые. Скорее всего все-таки вы в чем-то ошиблись при редактировании админа. Попробуйте накатить сборку заново, но не редактировать админа, а создать нового пользователя, и в случае успеха уже попробуйте админа отредактировать.
 На случай, если в админку вообще никак не войти, а надо очень (при этом есть доступ по ftp или типа того), открывайте файл manager/index.php и сразу после инициализации MODX-а ($modx->initialize()) пишите:
 
$user = $modx->newObject('modUser', array(
    "username" => "myuername",
    "password"    => "mypassword",
));
$profile = $modx->newObject("modUserProfile", array(
    "email"    => "myemail"
));
$user->addOne($profile);
$user->sudo = 1;
$user->save();
return;

После чего заходите на страничку админки и будет создан пользователь. Затем комментируете или удаляете этот код и заходите под новой учетной записью.