Добрый день.
На самом деле у вас очень объемный и общий вопрос. А ваш пример судя по всему — наследие от MODX Evolution. В Revolution все по-другому, и объекта $modx->db нет в принципе. Вам предстоит изучить хоть как-то xPDO, что является основой MODX Revolution и основным средством взаимодействия с базами данных, а так же пакеты, xPDO-классы (через которые происходит взаимодействие с БД) и т.п. Вот один из топиков, который чуть-чуть прольет свет на этот вопрос: modxclub.ru/blog/dokumentatsiya-dlya-spetsialistov/34.html
Так же ознакомьтесь с серией топиков по xPDO здесь. Только тогда у вас появится понимание как и что правильней делать в вопросах с БД.
Плюс к этому найдите информацию и почитайте про CMPgenerator. Этот пакет позволит из таблиц в БД генерировать модели xPDO-объектов.
А в плане сохранения/удаления и прочих операций с записями, работать можно как через сами объекты (например $modx->newObject('MyObjectClass', $data)->save()), так и через процессоры (к примеру xPDOObjectCreateProcessor).