Нет, я с таким еще не сталкивался. Файловая система сайта абсолютно в порядке. Но почему он не создал тебе эти таблицы — не ясно. А из-за них все и развалилось.
Кстати, поставил тебе curl (без него не будет работать менеджер пакетов) и MC — аналог фара для ssh.